常见的出口检验检疫证书格式包括《检验证书》《卫生证书》《健康证书》《兽医（卫生）证书》《动物卫生证书》《植物检疫证书》《熏蒸/消毒证书》等，这些证书在货物清关、贸易结汇等环节发挥着重要作用。
《检验证书》适用于出境货物（含食品）的品质、规格、数量、重量、包装等检验项目。该证书的名称可笼统地写为《检验证书》，也可根据信用证等要求，选择《品质证书》《重量证书》《数量证书》《鉴定证书》等名称，但证明的内容应与证书名称基本一致。在同时证明多个内容时，可合并出证，如《重量/数量证书》。
《卫生证书》适用于经检验符合卫生要求的出境食品以及其他需要实施卫生检验的货物。该证书一般对该批货物及其生产加工、贮运的卫生状况进行卫生评价，或者对货物药残、农残等作定量分析等。
《健康证书》适用于食品以及用于食品加工的化工产品、纺织品、轻工产品等与人、畜健康有关的出境货物。该证书与《卫生证书》一样，对于需经输入国家/地区卫生注册的货物，证书中“加工厂名称、地址和编号”一定要与其政府机构卫生注册并公布的内容一致。
《兽医（卫生）证书》适用于符合输入国家或地区与中国有检疫规定、双边检疫协定以及贸易合同要求的出境动物产品。该证书一般证明该批货物系来自安全非疫区的动物，动物屠宰前后经官方兽医检验认为健康，适合人类食用。其中，对输往俄罗斯的肉类及皮革等动物性原料，应出具中俄双语格式证书。
《动物卫生证书》适用于符合输入国家或者地区与中国有检疫规定、双边检疫协定以及贸易合同要求的出境动物，出境旅客携带的符合检疫要求的伴侣动物，符合检疫要求的供港澳动物。该证书须由海关总署授权并向国外推荐备案的签证兽医官签署后方可使用。
《植物检疫证书》适用于符合输入国家或地区以及贸易合同签订的检疫要求的出境植物、植物产品、含有植物源性原材料产品以及其他检疫物（植物性包装铺垫材料、植物性废弃物等）。该证书与《动物卫生证书》类似，须由签证植物检疫官手签后使用。
《熏蒸/消毒证书》适用于经检疫处理的出入境动植物及其产品、包装材料、废旧物品、邮寄物、装载容器（包括集装箱）及其他需检疫处理的物品等。例如，货物在装运过程中经常使用木托盘、木箱等包装材料，在其出口到相关国家/地区时，往往需要提供该证书，以此证明该批货物及其木质包装已经过药物熏蒸/消毒处理。